2012年，连云港市实现高新技术产业产值突破1300亿元，占规模以上工业产值比重超过37%，新医药、新材料、新能源、高端装备制造“三新一高”产业继续领跑高新技术产业，占比超过80%。
企业是创新的主体，连云港市围绕增强企业创新能力下足了功夫。2012年，恒瑞、豪森、康缘、正大天晴四大药企新上新药创制国家科技重大专项17项，获国家科技拨款近2亿元，保持同类城市领先地位。获批国家高新技术企业30家，数量超过前两年总和，全市国家级高新技术企业达到75家，68家企业列入江苏省高新技术企业培育库，7家企业进入省创新型领军企业培育库，入选企业数目占苏北五市总量的一半，正大天晴获省企业技术创新奖。获批省级以上企业工程（技术）中心22家、企业研究生工作站4家，恒瑞靶向药物工程技术研究中心获批为苏北首个国家级企业工程中心。认定省级企业研发机构145个，在全省率先实现大中型工业企业研发机构全覆盖和大中型高新技术企业省级以上研发机构全覆盖。
为了让高新技术产业获得持续地高水平创新能力，连云港不断加强重大创新平台载体建设力度成效明显。中科院能源动力研究中心建成气化试验框架，积极开展国家重大科技基础设施、国家燃气轮机重大专项的争取工作。省海洋资源开发研究院建成海洋信息技术重点实验室。推进科技园区集约发展，各重点园区全面启动“六个一”工程规划建设。新增国家级、省级公共技术平台7个，省级以上科技公共服务平台总数超过30个。国家硅材料质检中心建成运行，东海硅材料技术创新公共服务平台、港口集装箱物流信息服务平台获国家创新基金支持，连云港成为全国唯一的科技创新港。
高新技术产业和一批重量级的高新技术企业不断发展壮大，也助推了国内外的科技创新资源加快汇聚到港城。2012年，连云港市组织产学研专项对接活动20多场次，与中科院合肥物质研究院、南京农业大学、南京林业大学、扬州大学等6家高校院所签订共建产学研联合创新载体协议。
校企联盟发展到530家，引进高层次人才131人，其中2人入选国家“千人计划”，10人入选省“双创”计划，9人入选科技企业家培育工程，17人入选企业博士计划。江苏核电有限公司获批建设国家级国际科技合作基地，“中俄核电技术联合研究中心”获批为苏中苏北地区唯一的省创新国际化载体项目。
